Jos kalan sairauden syy ei pintapuolisessa tarkastuksessa ja sen aikana otetuista iho- ja limanäytteistä selviä, joudutaan kala lopettamaan ja avaamaan. Tämä on aina silloin perusteltua, kun samaan tautiin on sairastunut usea kala, ja jos yhden uhraamisella voidaan muut mahdollisesti pelastaa. Mikäli sairaita kaloja on vain yksi, joka on niin huonokuntoinen, että se tulisi lopettaa, on tällöinkin lopettamisen yhteydessä syytä avata ja selvittää sen huonokuntoisuuden syy. Kuolleiden kalojen avaamisesta opitaan lisäksi tunnistamaan kalasairaudet ja niiden oireet paremmin, jotta seuraavalla kerralla osataan toimia paremmin.

Tässäkin yhteydessä on syytä huomauttaa että uusia kaloja akvaarioon ei pitäisi hankkia sairaiden ja tai kuolleiden tilalle ennen kuin tautiin johtaneet syyt on selvitetty. Akvaario ja sen laitteet tulee desinfioida hyvin. Vain täten voidaan taudin leviäminen toisiin kaloihin estää.

Sairaat kalat tulee lopettaa mahdollisimman kivuttomasti. Kala voidaan pyydystää haavilla ja siirtää märälle talouspaperille. Pienikokoisilta kaloilta leikataan niska saksilla nopeasti poikki. Jos kala lopetetaan sairauden vuoksi, on kakset syytä desinfioita. Yli 10 sentin pituiset kalat tainnutetaan ensin lyömällä niitä sopivalla esineellä (esim puukapulalla) niskaan. Tämän jälkeen kalan selkäranka leikataan poikki niskasta.

Kalan avaamiseen tarvittavat välineet: kirurgin veitsi, sakset, pinsetit, pari neulaa, alusta (petri-malja) objekti- ja peitinlaseja, mikroskooppi ja/tai suurennuslasi sekä suojakäsineet.

Lopetetut ja suhteellisen kookkaat (noin 10 cm pituiset) kalat voidaan avata märän talouspaperin päällä. Pienet kalat voidaan avata Petri-maljassa, jossa on puhdasta vettä. Kalat asetetaan jommallekummalle kyljelleen ja avataan varovasti teräväkärkisillä saksilla vahingoittamatta sisäelimiä.

Ruumiinontelon elimet tarkastetaan kukin vuorollaan. Jos käytettävissä on mikroskooppi, kannattaa eri elimistä valmistaa puristepreparaatti. Tällöin elimestä otettu pieni, kooltaan pari millimetriä, pala puristetaan kahden objektilasin välissä läpikuultavan ohueksi. Lasien väliin lisätään pipetillä vettä ja näytettä tarkastellaan mikroskoopilla. Tutkimus aloitetaan pienimmällä suurennuksella, josta sitten jatketaan tarpeen mukaan isommilla suurennuksilla.

Monet ruumiinontelon elimistä mahdollisesti tehtävät tutkimukset ovat niin monimutkaisia ja erityisvälineitä vaativia ettei tavallisella akvaarioharrastajalla ole niihin mahdollisuuksia. Kuitenkin varsin suuri osa perustutkimuksista on tehtävissä yksinkertaisilla välineillä. Tavallisesta koulukäyttöön tarkoitetusta mikroskoopista on hyötyä, siksi sen käyttöä kannattaa harkita ainakin akvaarioliikkeisiin ja seuroihin.

Hyvästä makrokuvauskamerasta on myös apua sairaiden kalojen kuvauksissa. Uutta tekniikkaa voidaan hyödyntää, jos käytettävissä on scanneri. Kuvat voidaan lähettää lisäkonsultaatiota varten sähköpostina ja kysyä neuvoja diagnoosiin.

Perustutkimuksilla ei kuitenkaan aina voida selvittää tarkkaa kuolinsyytä. Tarvitaan harjoittelua (ja onneakin). Tärkein perusta on kuitenkin, että tunnetaan kalan normaalit sisäelimet, niiden terve väri ja rakenne. Tätä voidaan (ja on syytäkin) harjoitella jollain sopivalla kotimaisella kalalla, kuten särki tai ahven. Taitojen kasvaessa voidaan tutkia kotimaisten kalojen poikasia, joiden koko vastaa akvaariossa olevia kaloja.

Leikatessa on syytä on varovainen ja käyttää suojakäsineitä. Osa kudoksista voi olla sen verran kovia, että veitsen ja saksien lipsumista on syytä varoa. Samoin tulee muistaa tartuntariski. Kalojen bakteerit voivat aiheuttaa ikäviäkin tulehduksia ihmiseen.

Ensimmäiseksi irrotetaan kiduskansi, ja otetaan yksi kiduskaari objektilasille. Kiduskaari irrotetaan ensin sen alapäästä eli sydämen puolelta (jolloin verenpaine kiduksessa välittömästi laskee). Kidus tutkitaan ohjeen mukaan.