Kaloista eristetyt bakteerit on ensin viljeltävä puhtaiksi. Kalassahan saattaa kasvaa varsin erilaisia bakteereita, joista varsinainen taudin tai tulehduksen aiheuttaja tulee eristää.

Eri näköiset ja väriset pesäkkeet todetaan ja niistä otetaan silmukalliset uusille maljoille kasvamaan. Levitys tehdään silmukkaa vetojen välillä steriloiden (ja jäähdyttäen ), kunnes kukin pesäke kasvaa vain yhdestä bakteerisolusta. Tätä toistetaan, kunnes maljalle kasvaa vain keskenään samoja bakteereita

Kalojen bakteeritaudit voidaan jakaa kahteen ryhmään sen perusteella, miten käyttäytyvät Gram-värjäyksessä. Tämä on bakteerien värjäysmenetelmä, jossa objektilasille siirrostetut ja kuivatut bakteerit värjätään ensin tietyllä menetelmällä tumman violeteiksi ja sitten pestään väri pois. Violeteiksi jäävät bakteerit ovat Gram-positiivisia. Värittömiski palautuneet (ja punaisiksi vastavärjätyt) ovat Gram-negatiivisia. Värjäysmenetelmä on tärkeä, koska myös monien lääkkeiden teho (tai tehottomuus) noudattaa Gram- +- jakoa.

Valtaosa kalojen patogeeneista ja/tai tulehduksia aiheuttavista bakteereista on Gram-negatiivisia. ram-positiivia on vain muutamia, mutta ne ovat usein varsinaisia patogeeneja, jotka vaativat eläviä soluja (tai monimutkaista ravintoalustaa) kasvaakseen.
Yleisten gram-negatiivisten bakteerien identifioimiseen on kehitetty kaupallisia tuotteita, kuten API 20 E. Menetelmässä käytetään kirkkaasta muovilevystä puristettuja liuskoja, joissa olevissa taskuissa on erilaisia reagensseja.

Bakteereita puhdasviljelmän pesäkkeestä siirrostetaan taskuihin lisättyyn veteen, jossa bakteereita kasvatetaan tietty aika.

Erot bakteerien käyttäytymisessä voidaan havaita esimerkiksi nesteen värinmuutoksina taskuissa.

Testien tulokset luetaan ja niitä verrataan taulukoituihin tuloksiin. Menetelmä soveltuu esimerkiksi Aeromonas sp.- ja Pseudomonas sp.-kantojen tunnistamiseen.

Ennen kalojen lääkitystä (ainakaan antibiooteilla) pitää vielä selvittää lääkkeiden teho resistenssitestillä