Tanganjikajärvi on syvä (1470 metriä). Vaikka se on lähes tasalämpöinen (noin 23 astetta) pinnasta pohjaan, ei sen vesi kierrä koskaan kokonaan. Tästä seuraa että noin 100 metrin syvyydestä (200 m järven eteläosassa) alkaen syvemmällä vesi on hapetonta. Happea tarvitsevia eläimiä on siksi vain pintavedessä. Runsaimmillaan eläimiä on rantavesissä ja erityisesti kivikko- ja kalliorannoilla.