Suojaiset lahdet ovat useimmiten jokien suita. Joet, lukuunottamatta pohjoisesta tulevaa Rusizia , tuovat järveen varsin erilaista vettä. Se on pehmeää ja hapanta tai emäksistä eli normaalia sadevettä, joka on virratessaan irrottanut maata mukanaan. Liuenneet maa-ainekset ovat sitten muuttaneet veden laatua. Näissä joissa tavataan monia sellaisia akvaarioissakin nähtyjä kaloja, joita ei kuitenkaan tavata Tanganjikajärvessä näitä suojaisia jokisuita lukuunottamatta. (Rusizi-joki laskee pohjoisesta Kivu-järvestä ja tuo Tanganjika-järveen kovaa ja emäksistä vettä.)